El desarrollo museístico orienta su quehacer a partir de la interrelación entre la dimensión teórica y práctica de sus labores. En este contexto el Centro de Museos de la Universidad de Caldas, adscrito a la Vicerrectoría de Proyección Universitaria, fue creado en 1996 con el propósito de reunir en una única sede y bajo una sola administración las colecciones de arqueología, arte, geología e historia natural, que estaban ubicadas en diferentes lugares del alma mater, y que constituyen uno de los patrimonios culturales más significativos e importantes para la comunidad académica. 

El Centro de Museos realiza actividades de investigación, conservación, protección, restauración y difusión del patrimonio constituido por sus colecciones, el cual contribuye al conocimiento y construcción de una memoria colectiva de la sociedad frente al pasado, al presente y con proyección al futuro. 

En sus instalaciones físicas cuenta con cuatro salas de exposición, centro de documentación, depósitos o reservas para cada colección, laboratorios y taller de restauración y recintos para actividades múltiples; lo cual facilita cumplir las funciones primordiales del museo.

Su gestión se enfatiza a partir de tres áreas de desarrollo que determinan las funciones primordiales de cualquier museo: Preservación del Patrimonio, Investigación y Docencia, Difusión del Patrimonio e Inclusión de Públicos:  

• Preservación del Patrimonio: El enriquecimiento de las colecciones patrimoniales del Centro de Museos se realiza a través de donaciones, expropiaciones y proyectos de investigación en cada una de las áreas, bajo los parámetros de conservación preventiva y la actualización de los inventarios y registros.
• Investigación y Docencia: El museo fortalece el conocimiento y enriquecimiento de sus colecciones  a través de investigaciones propias, así como asesorías, consultorías y realización de  alianzas con diferentes  programas y departamentos de la Universidad de Caldas
• Difusión de Patrimonio: El Museo tiene abierta sus puertas al público en general y particularmente es un espacio que ofrece a estudiantes y profesores de educación básica, secundaria y universitaria, exposiciones y actividades académicas y de extensión orientadas a dar a conocer la importancia del patrimonio cultural que alberga el museo. 
• Inclusión de públicos: El área educativa del Centro de Museos realiza una labor de difusión y comunicación de sus exposiciones permanentes y temporales, da a conocer parte importante de la historia de la región y del país, forma y concientiza sobre el valor de la conservación del patrimonio cultural y abre espacios de encuentro y reflexión sobre el desarrollo cultural y artístico a nivel regional, nacional e internacional. Todo esto lo logra ofreciendo, tanto a personas del común como a públicos especializados (guías, profesores y estudiantes de preescolar, básica primaria, secundaria y universidades), las siguientes actividades:

1. Visita libre: Recorrido por las salas de exposición sin el acompañamiento de guías. No requiere programación ni solicitud de visita.
2. Visitas guiadas para público general: Recorrido por las salas de exposición con acompañamiento y  orientación  acerca de las colecciones. Requiere programación y solicitud de visita. 
3. Visitalleres para público escolar: Visitas que incluyen el  recorrido guiado por las salas de exposición y la realización de un taller con el propósito de consolidar los conceptos tratados durante el recorrido. Requiere programación y solicitud de visita.
4. Tardes de taller en el Museo: Talleres creativos en los que se desarrollan diferentes ejercicios y técnicas artísticas (elaboración de máscaras prehispánicas, estampación con sellos, réplicas de fósiles, modelado en arcilla y plastilina, entre otros). Son programadas por el Centro de Museos requieren inscripción previa en fechas específicas.
5. Talleres para adultos mayores: Programa de talleres con el que se pretende reivindicar el papel del museo como un lugar para el intercambio de experiencias y el aprendizaje abierto a toda la comunidad. Son programados por el Centro de Museos requieren inscripción previa en fechas específicas. 
6. Cine en el Museo: Ciclo de cine con el que se busca promover la apreciación de obras fílmicas, en las que se puedan extraer problemáticas de la sociedad contemporánea. Dirigidos a la comunidad universitaria y público general. Es programado por el Centro de Museos en fechas específicas y está abierto a la comunidad en general, no requiere inscripción.
7. Conversatorios temáticos: En torno a las exposiciones temporales y permanentes. Son programado por el Centro de Museos en fechas específicas y está abierto a la comunidad en general no requiere inscripción.
8. Seminarios: Sobre temas de interés para la comunidad universitaria. Son programados por el Centro de Museos requieren inscripción previa en fechas específicas.
9. Cátedra en el Museo: Seminario de proyección, reconocido como créditos opcionales, dictado por profesores vinculados a los grupos de investigación de la Universidad de Caldas. Es programada por el Centro de Museos requieren inscripción previa en fechas específicas.