Los bienes patrimoniales valen por lo que son en sí mismos y por la información asociada a ellos. Cualquier objeto del pasado pierde gran parte de su valor si desconocemos de donde procede, cuando fue realizado, o no sabemos que puede significar. Registrar un objeto de interés patrimonial es concederle carta de naturaleza, y conservar la información que del mismo disponemos es tan vital como preservar la destrucción del mismo objeto.

El Centro de Museos tiene organizado su quehacer a partir de la propuesta metodológica desde los conceptos museológicos propuestos por María Cristina Moreno en dos áreas; El área de gestión de colecciones y el área de extensión y actividades. 

En el área de gestión de colecciones se encuentran las curadurías de: Arqueología, Historia Natural, Arte, Geología y Paleontología y cada una es responsable de sus colecciones respectivas. 

La herramienta por excelencia para la preservación y conservación de las colecciones patrimoniales es la elaboración de los inventarios los cuales son a cada objeto o pieza cultural una cedula de ciudadanía que la identifica y significa.

 
LA COLECCIÓN DE ARQUEOLOGÍA.  

La colección que hoy reposa en el museo perteneció al señor Francisco Jaramillo Montoya, quién en 1955 la vendió a la Sociedad de Mejoras Públicas de Manizales para ser exhibida en una sala del Palacio de Bellas Artes, inaugurada como la Sala Quimbaya, contando con el apoyo inicial de importantes personalidades en su momento como el Dr. Félix Henao Toro.

En 1957 el Palacio de Bellas Artes pasó a la Universidad de Caldas para entrar a formar parte de sus instalaciones educativas. La Sala Quimbaya, con el nombre de Museo Arqueológico, quedó adscrita al desaparecido Centro de Recursos Educativos y al consolidarse en 1996 la creación del Centro de Museos responsable desde entonces de su custodia aumento a más de 4000 objetos entre cerámica, líticos y una muestra de orfebrería pertenecientes a la " Zona Arqueológica Quimbaya". 

Esta colección es una de las más representativas y diversas del centro occidente del país por la excelencia técnica y estética de sus piezas.

El registro y documentación de la colección de Arqueología del Centro de Museos es requisito obligatorio establecido por el Instituto Colombiano de Antropología e Historia - Ministerio de Cultura. Ley 163 artículos 17 y 8 /1959; Decreto 264 articulo 9 / 1963; Ley 397 /1997; Decreto 833 / 2002; Ley 1185 / 2008; y Decreto 763 / 2009.

El inventario de la Colección de Arqueología se elabora en la base de datos de Colecciones Colombianas y el registro de la misma ante el Instituto Colombiano de Antropología e Historia (ICANH). 

La base de datos comprende diversos campos en las cuales se debe ingresar la información respectiva para cada uno de los objetos de la colección.

LA COLECCIÓN DE HISTORIA NATURAL. 

A partir de 1976 se inicia en el Alma Mater una colección de especímenes biológicos preparados por A. Negret y Jesús H. Vélez siendo este último el fundador del Museos de Historia Natural quien adhirió la colección en sus comienzos al desaparecido Centro de Recursos Educativos (C.R.E) de la Universidad. 

Desde 1996 al consolidarse el proyecto Centro de Museos, la colección de Historia Natural queda incorporada oficialmente con más de 8000 ejemplares de la fauna colombiana preparados casi todos por J. Vélez y la sección de invertebrados realizada por Julián A. Salazar quien hizo su irrupción en la década de 1980. Ella es particularmente reconocida y apreciada en el ámbito nacional e internacional por la variedad y riqueza de sus mariposas y por el desarrollo de algunas investigaciones relativas que han llevado al descubrimiento de nuevas especies para la ciencia, al igual en el estudio de las aves. Lo anterior ha permitido que la colección sea la cuarta en importancia dentro del contexto naturalístico Colombiano. Fruto de ello, las investigaciones se reflejan en la publicación del boletín científico especializado en la colección biológica, liderado por J. A. Salazar

De conformidad con el artículo 12 del Decreto 312 de 2000, las Colecciones Biológicas con fines de investigación científica deben registrarse ante el Instituto Alexander Von Humboldt. Para lo cual se debe dar cumplimiento al procedimiento establecido a través de la resolución 1115 de 2000 expedida por el Ministerio de Ambiente y Vivienda y Desarrollo Territorial. 

Mediante el proceso de taxidermia se recibe, se preparan y se conservan especímenes de Historia Natural previamente capturados y tratados de su medio natural con la finalidad de ser preservados para estudio científico y de exhibición.

LA COLECCIÓN DE GEOLOGÍA Y PALEONTOLOGÍA. 

A partir de 1996 la Colección de Geología forma parte del Centro de Museos de la Universidad de Caldas; constituida por colecciones de diferentes especímenes provenientes de diversas localidades de Colombia y el mundo, conformadas por 850 rocas, 800 minerales y más de 2500 fósiles. Entre las rocas de Colombia, se encuentran algunas con una antigüedad aproximada de 1800 millones de años ( Granulitas y Gneises de Garzón y la Sierra Nevada de Santa Marta ), entre los fósiles se destaca un ejemplar de Gliptodonte (mamífero desdentado semejante al armadillo de aproximadamente 13 millones de años) el cual fue hallado en perfecto estado de conservación por profesores del área de Paleontología del Departamento de Ciencias Geológicas en el Desierto de la Tatacoa ( Villa Vieja – Departamento de Huila ) en el desarrollo de prácticas académicas extramurales del Programa de Geología.

LA COLECCIÓN DE ARTE. 

El Centro de Museos cuenta así mismo con unas obras pictóricas donadas por el maestro David Manzur a la Universidad de Caldas que consisten en doce bocetos de la serie “El Martirio de San Sebastián” – Homenaje a Andrés Escobar”, quien fue un futbolista de la Selección Colombia trágicamente desaparecido el 2 de julio del año de 1994, en la ciudad de Medellín - Colombia